Par arrêté du 7 août 2006 du ministère chargé de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, le directeur de l'école doctorale est assisté d'un Conseil.
Ce dernier émet des avis sur les questions concernant l'école doctorale : son organisation, son fonctionnement pédagogique et le dispositif du suivi des doctorants. Il veille au respect des principes de la Charte des thèses de l'établissement.
Le conseil de l'école doctorale se réunit à plusieurs moments stratégiques dans l'année. Il examine toutes les candidatures d'inscription en 1ère année de thèse ce qui permet de faire converger entre les différentes institutions les critères d'admission en thèse. Cela le conduit à se réunir fin juin, puis à quatres reprises (mi septembre, mi novembre, Janvier et Mars). Les demandes de réinscription au-delà de la 3e année sont également examinées au cas par cas.
En complément de l'arrêté du 7 août 2006 relatif à la formation doctorale et de la Charte des thèses d'Université Paris-Est, le règlement intérieur définit les règles en matière d'inscription en doctorat, de déroulement de la thèse, de co-tutelle de thèse, de la soutenance de thèse et de la délivrance du doctorat.
Toutes les candidatures en 1ère année de thèse sont examinées collectivement par le conseil de l'école doctorale. Les doctorants soumettent un dossier de candidature où sont précisés : leur cursus, leur projet de recherche, l'avis de leur directeur de thèse et du directeur de laboratoire concerné, le financement prévu pour la thèse, leur projet professionnel au-delà de la thèse. Ils viennent ensuite présenter leur projet par oral. Leur direction de thèse est invité à assister aux débats.
La gestion de la durée des thèses est basée sur un processus en plusieurs étapes :
À partir de la 4e année, les contrôles sont plus stricts :
L'école doctorale applique la Charte du doctorat d'Université Paris-Est. Sa portée est étendue aux doctorants des Écoles Nationales Supérieures d'Architecture.
Le Conseil se réunit aussi, entre janvier et juin pour examiner les différentes décisions d'orientation : sujets prioritaires, demandes de financement à diverses institutions, choix d'organisation pour le suivi des doctorants....
De plus, une réunion annuelle est organisée suivant des formats divers qui est l'occasion de construire des orientations de recherche pour les thèses à venir. Les représentants du monde universitaire et du monde professionnel sont particulièrement conviés à cette réunion.