Depuis sa création en 2007, Université Paris-Est s’est vue déléguer par ses membres la formation doctorale, de l’inscription à la délivrance du diplôme de docteur.
À partir de la rentrée universitaire 2020, le nouveau dispositif doctoral de Paris-Est entrera en vigueur. Les évolutions qu’il propose résultent de choix politiques effectués par les établissements membres d’Université Paris-Est : le nouveau dispositif doctoral prévoit le retour des inscriptions et de la diplomation aux établissements membres tout en maintenant un collège doctoral commun, porté et animé par la Comue.